Hingga saat ini di kawasan Taman Nasional Meru Betiri telah teridentifikasi flora sebanyak 518 jenis, terdiri 15 jenis yang dilindungi dan 503 jenis yang tidak dilindungi. Contoh jenis yang dilindungi yaitu Balanopora (Balanophora fungosa) yaitu tumbuhan parasit yang hidup pada jenis pohon Ficus spp. dan Padmosari/Rafflesia (Rafflesia zollingeriana) yang hidupnya tergantung pada tumbuhan inang Tetrastigma sp. Selain itu terdapat pula jenis flora sebagai bahan baku obat/jamu tradisional, dimana berdasarkan hasil uji petik di lapangan telah teridentifikasi sebanyak 239 jenis yang dapat dikelompokkan dalam 7 habitus, yaitu bambu, memanjat, herba, liana, perdu, semak dan pohon. Kawasan Taman Nasional Meru Betiri juga telah teridentifikasi fauna sebanyak 217 jenis, terdiri dari 92 jenis yang dilindungi dan 115 jenis yang tidak dilindungi. Jumlah sebanyak itu meliputi 25 jenis mamalia (18 diantaranya dilindungi), 8 reptilia (6 jenis diantaranya dilindungi), dan 184 jenis burung (68 jenis diantaranya dilindungi).
